Czaple Małe dawniej stanowiły własność kościoła św. Floriana na Kleparzu (34 łany kmiece i folwark kanonicki). W 1416 r. Władysław Jagiellończyk zmienia urządzenie wsi Czaple Małe z prawa polskiego na prawo niemieckie, średzkie.
W 1779 roku rozpoczęto przekazywanie dochodów z Czapel Małych na rzecz Akademii Krakowskiej.
W 1802 roku Czaple zostały przejęte przez rząd, a następnie sprzedane Szymonowi Milieskiemu (1783-1858), dziedzicowi Wysocic, który następnie przekazał je swemu synowi Franciszkowi Xaweremu Milieskiemu (ok. 1834-1930); potem zaś Czaplami władał Adolf Milieski.
W 1827 roku w Czaplach było 31 domów i 160 mieszkańców, natomiast na przełomie XIX i XX wieku 40 domów i 292 mieszkańców.
Czaple przechodzą we władanie rodziny Romerów po ślubie hrabiego Eustachego Romera (1856-1921)* z Marią Joanną Milieską (1861-1934).
Około 1890 roku rodzina Romerów buduje dwukondygnacyjny pałac (dwór) w stylu eklektycznym, łączącym w sobie różne style architektoniczne. Ściany wykonano z czerwonej cegły.
Córka Eustachego Romera, Kazimiera Romer (1887-1951) wychodzi w 1907 r. za mąż za Ludwika Popiela (1881-1949). Nowożeńcy po ślubie zamieszkali w należących do Popielów Ściborzycach, które w 1910 roku przeszły na własność Ludwika. On też zarządzał dobrami Czaple Małe zapisanymi przez Eustachego Romera wnukowi Andrzejowi (synowi Ludwika).
Ostatnimi właścicielami byli Andrzej Popiel (1908-1996) i jego żona Maria z Bnińskich Popielowa (1906-1958). Majątkiem w czasie II wojny światowej zarządzał Kazimierz Małecki. Po upaństwowieniu pałac zamienił się w budynek mieszkalny dla wielu rodzin. Z upływem czasu znacznie podupadł.
Demokratyczne przemiany w Polsce pozwoliły na odzyskanie niektórych siedzib ziemiańskich przez przedwojenych właścicieli. Działania na rzecz odzyskania zrujnowanego dworu podjął syn ostatniego właściciela, Andrzeja Popiela - Andrzej Hilary Popiel. Jego marzeniem było wyremontowanie dworu i przeniesienie się do niego wraz żyjącym jeszcze wtedy ojcem. Niestety, dwór udało się odkupić już po śmierci Andrzeja Popiela seniora, a zamiary przeprowadzenia remontu udaremniła śmierć Andrzeja Hilarego w 2007 roku.
Dwór w Czaplach Małych. Fotografia ze zbiorów Tytusa Bispinga.